疣状痣的治疗方法主要有以下几种情况。一般来说，对于较小的疣状痣，可以考虑手术切除，手术切除适用于面积相对较小的病灶，通常能较为彻底地去除病变组织。
激光治疗方式
二氧化碳激光：利用激光的高能量破坏疣状痣的组织细胞。对于较小且表浅的疣状痣有一定效果，治疗时可能会有轻微疼痛，术后需注意保持创面清洁，避免感染，一般1 - 2周创面可愈合。脉冲染料激光：除了改善血管性病变外，也可用于部分疣状痣的治疗，尤其对于伴有血管增生情况的疣状痣可能有一定作用，但相对来说针对单纯疣状痣的主要治疗还是以二氧化碳激光等为主。
冷冻治疗办法
液氮冷冻：通过液氮的低温使疣状痣组织坏死脱落。治疗过程中局部会出现肿胀、水疱等反应，水疱一般在1 - 2周内吸收干涸，然后痂皮脱落。不过冷冻治疗可能需要多次进行，对于较大面积的疣状痣可能效果有限，而且冷冻后局部皮肤可能会有色素改变等情况。
药物治疗相关
目前针对疣状痣的特效药物相对较少。一些外用药物可能有一定的改善作用，比如维A酸类药物，它可以调节表皮细胞的分化和增殖，但单独使用效果往往不太理想，一般作为辅助治疗手段。不过药物治疗对于较大或较厚的疣状痣通常效果不佳，更多是用于一些较小、较表浅的病灶辅助改善皮肤状态等情况。