脑血栓的治疗需分情况，超早期（发病4.5小时内）符合条件者可考虑溶栓治疗；一般急性期可采用抗血小板聚集、改善脑循环、神经保护等药物治疗，必要时手术取栓等。脑血栓能否彻底治好与多种因素相关，如梗死部位、面积、治疗时机等。一般梗死面积小、治疗及时的部分患者可临床治愈，但多数会有不同程度后遗症。
一、超早期溶栓治疗
发病4.5小时内，若符合溶栓指征，可通过溶栓药物使堵塞血管再通，有望最大程度恢复神经功能，但溶栓有严格适应证和禁忌证，需及时评估。
二、急性期药物治疗
抗血小板聚集药物如阿司匹林等可抑制血小板聚集，防止血栓进一步形成；改善脑循环药物能增加脑血流量；神经保护类药物可保护神经细胞，减轻缺血损伤。这些药物需在医生指导下根据患者具体情况合理应用。
三、手术治疗情况
对于大血管闭塞等严重情况，可能需进行手术取栓，通过手术直接取出血栓，恢复血管通畅，但手术有一定风险和适用人群。
四、预后影响因素
年龄较大者恢复相对较慢，女性与男性在预后上无绝对差异，但整体身体状况、基础疾病如高血压、糖尿病等控制情况会影响预后，若患者有良好生活方式，如控制血压血糖、戒烟限酒等，有利于预后，反之则可能影响恢复甚至再次发生脑血栓。