扁桃体炎的治疗药物选择需根据病情来定，一般细菌感染引起的扁桃体炎，常用青霉素类药物，比如青霉素V钾片，不过具体最佳用药还得看情况。
细菌感染引发的扁桃体炎用药
青霉素类药物： 如果是A组乙型溶血性链球菌等敏感细菌感染导致的扁桃体炎，青霉素是常用药。像青霉素V钾片，它能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥抗菌作用。不过对青霉素过敏的人不能用。头孢菌素类药物： 要是对青霉素过敏，可选用头孢菌素类，例如头孢克洛胶囊。这类药物通过抑制细菌细胞壁的合成来杀菌，抗菌谱较广，能有效针对引起扁桃体炎的常见细菌。
病毒感染引发的扁桃体炎用药
抗病毒药物： 若为病毒感染引起的扁桃体炎，比如腺病毒等导致的，一般没有特效的抗病毒药物，主要是对症治疗。但像更昔洛韦这类抗病毒药，在特定的病毒感染严重情况下，医生可能会根据情况使用，不过一般病毒感染引起的扁桃体炎多以缓解症状为主。
对症治疗药物
解热镇痛药： 当扁桃体炎伴有发热、咽痛时，可使用解热镇痛药，如对乙酰氨基酚片。它能通过抑制前列腺素的合成，起到解热镇痛的作用，一般体温超过38.5℃且有明显咽痛不适时可以使用。糖皮质激素： 在病情较重，如出现高热不退、扁桃体肿大明显影响呼吸等情况时，可能会短期使用糖皮质激素，如地塞米松。不过糖皮质激素使用有严格的适应症和剂量要求，需在医生严密监测下使用。
局部用药
含漱液： 可以使用复方硼砂含漱液，它能清洁口腔、杀菌消炎，有助于缓解扁桃体炎引起的咽部不适，每次含漱几分钟，一天可使用数次。含片： 像西地碘含片，含服后可以在局部缓慢释放碘，有杀菌、抗感染的作用，能减轻扁桃体炎导致的咽部疼痛等症状。