流脑疫苗的不良反应一般不大。多数人接种后可能仅出现局部反应，比如接种部位轻度红肿、疼痛，一般1~2天就会自行缓解。据统计，接种流脑疫苗后出现明显不良反应的概率较低，通常在5%以下。
局部不良反应情况
红肿现象：接种流脑疫苗后，约有少数人会出现接种部位红肿的情况。一般红肿范围比较小，直径多在2~5厘米左右，而且红肿会在接种后的1~2天内逐渐出现，然后慢慢消退。疼痛感觉：部分受种者会感到接种部位有疼痛，这种疼痛大多比较轻微，像针刺一样的感觉，一般不需要特殊处理，1~2天也能自行消失。
全身不良反应表现
轻微发热：接种后可能会出现低热，体温一般在37.5~38.5℃之间，这种低热持续时间较短，多数1~2天就会恢复正常。一般不需要吃退烧药，通过多休息、适当喝水就能缓解。身体不适：少数人可能会有身体不适的感觉，比如有点乏力、精神稍微差一点，但这些症状通常比较轻，也会在短时间内消失。
特殊人群的不良反应情况
婴幼儿：婴幼儿接种流脑疫苗后，出现不良反应的情况和其他人群类似，但由于婴幼儿的免疫系统等还在发育中，需要密切观察。比如接种后发热时，要注意监测体温变化，体温如果超过38.5℃且持续不退，或者出现其他异常表现，如哭闹不止、精神萎靡等，要及时就医。过敏体质者：过敏体质的人接种流脑疫苗后，出现不良反应的风险可能相对高一些。有可能出现比较严重的过敏反应，像皮肤出现大片皮疹、瘙痒明显，甚至可能出现呼吸困难等症状。如果本身知道自己是过敏体质，接种前一定要如实告知医生，以便医生评估是否适合接种。