导致阴茎短小的原因众多，包括先天遗传、后天发育等方面，具体如下：
一、先天遗传因素。阴茎如同身体其他器官，其形态和大小受遗传基因的影响与控制，许多阴茎短小的情况源于遗传。
1.从生物学角度来看，基因在很大程度上决定了个体的生理特征。
2.遗传因素可能导致阴茎在初始发育阶段就存在一定的局限性。
二、发育及营养状况的影响。在男性发育期，如果身体虚弱、营养不良，极有可能干扰阴茎的正常发育，进而引发阴茎短小现象。
1.发育期身体需要充足的营养物质来支持器官的生长和发育。
2.营养缺乏可能使阴茎发育所需的能量和物质供应不足。
三、长期手淫或频繁性生活的后果。处于发育期的男性，若有长期手淫或频繁性生活的行为，也会致使阴茎短小。
1.过度的性刺激可能对阴茎的发育产生不良影响。
2.频繁的性行为可能影响体内激素平衡等。
四、生殖系统疾病所致。例如睾丸炎、包皮过长、睾丸发育不全、隐睾等都可能导致阴茎短小。
1.睾丸炎会影响睾丸的正常功能，进而影响阴茎发育。
2.包皮过长等问题可能对阴茎的生长环境产生不利影响。
五、肥胖因素的关联。特别是会阴部及耻骨联合部位脂肪丰满突出的男性，其阴茎发育可能受到阻碍，从而出现阴茎较小的状况。
1.过多的脂肪堆积可能对阴茎的生长空间造成挤压。
2.肥胖可能通过某些机制间接影响阴茎的发育。
总之，阴茎短小的原因是多方面的，既有先天遗传的不可控因素，也有后天发育过程中诸多因素的影响，需要综合各种情况进行分析和判断。