治疗灰趾甲并没有绝对最好的方法，通常可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来改善，具体如下：
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：是一种局部抗真菌药，每周使用1-2次，连续使用数月，能抑制真菌细胞膜合成，达到抗真菌效果。不过，使用时要注意指甲周围皮肤的刺激情况，如果出现红肿、瘙痒加剧等不适，需及时停药就医。环吡酮胺乳膏：局部涂抹于患处，抑制真菌的生长和繁殖。一般每天使用1-2次，坚持使用几个月。但对于严重的灰趾甲，单纯外用可能效果较慢，且要注意涂抹范围要超过病甲周围皮肤。
口服药物治疗
伊曲康唑：属于抗真菌口服药，采用冲击疗法，即服用1周停3周为一个疗程，一般需要2-3个疗程。它能干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜合成。不过，服用前需要检查肝功能，因为可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬：也是常用的口服抗真菌药，每天服用一次，一般需要连续服用3个月左右。它通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。同样，用药前也要检查肝功能，孕妇和哺乳期女性要避免使用。
手术治疗
拔甲术：对于单发的灰趾甲可以考虑拔甲，把病甲拔掉。但术后要注意伤口护理，避免感染，一般需要几周时间让新甲生长，而且新甲刚开始可能外观不太美观，且有一定复发风险。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲部位，破坏真菌细胞。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，痛苦较小，但费用相对较高，而且对于严重程度不同的灰趾甲效果可能有差异，部分患者可能需要配合其他治疗方式。