龟头炎的治疗需根据不同病因选择合适方法，一般来说，细菌性龟头炎可局部使用抗生素药膏等。比如，对于较轻的细菌性龟头炎，可先用清水清洗龟头，然后局部涂抹莫匹罗星软膏等。
局部治疗方式
清洗清洁： 每天用清水轻柔清洗龟头部位，保持局部清洁干燥，这有助于减少细菌、污垢等对龟头的刺激。一般建议每天至少清洗1 - 2次。外用药物： 如果是念珠菌性龟头炎，可外用抗真菌药物，像克霉唑软膏等，能抑制念珠菌生长。而细菌性龟头炎可选用莫匹罗星软膏等抗生素软膏涂抹。
全身用药情况
细菌感染较重时： 若龟头炎是由细菌感染且感染较严重，口服抗生素可能会用到，比如头孢类抗生素等，但具体用药需遵医嘱，不能自行随意服用。真菌感染顽固时： 对于反复发作的念珠菌性龟头炎，可能需要口服抗真菌药物，如氟康唑等，但要注意药物的副作用及适用情况。
特殊情况处理
包皮过长导致反复龟头炎： 如果是因包皮过长反复引发龟头炎，在炎症消退后，一般建议行包皮环切术。这样可以从根源上解决包皮过长导致龟头炎反复的问题，通常术后龟头炎复发的几率会大大降低。过敏引起的龟头炎： 如果是过敏因素导致的龟头炎，首先要避免接触过敏原，然后可口服抗组胺药物，如氯雷他定等，缓解过敏引起的瘙痒、红肿等症状。同时要注意以后避免再次接触类似过敏原。