红茶菌具有多种功效与作用，同时也存在一些副作用。
功效与作用：
一、其含有的多糖、茶多酚、低聚异麦芽糖、茶碱等，可提高人体免疫力和自身抵抗力，调节血脂与血糖，促进双歧杆菌生长以减少肠道腐败物质和致癌物质，还能增加T-淋巴细胞和B-淋巴细胞的数量，提升机体的防御能力。
二、所含的醋酸、乳酸、柠檬酸能清理肠胃、帮助消化、防治便秘，提高维生素稳定性，预防有害病菌、病毒入侵，以及预防感冒。
三、其中的咖啡因可提高大脑活力，消除疲劳，振作精神。
四、红茶菌中包含的酵母菌、醋酸菌和乳酸菌这三种益生菌，对人体有特殊保健作用。
五、可清理肠胃、消毒解毒、通畅大便、杀灭有害病菌、增加有益菌落，适用于急慢性胃炎、肠炎、便秘、顽固性便秘消除、顽固性腹泻、痢疾等痊愈。
副作用：
1.过敏反应：对于患有酸过敏的人，饮用可能感觉不适，因其中含有有机酸。
2.细胞因子的活性过度活跃刺激自身免疫系统造成一些反应。
3.自身一些疾病或肾脏与膀胱功能相对较弱者可能出现问题，如本身肾脏功能不强或毒素多而喝的剂量大，会导致肾脏超负荷工作（可导致关节炎、腰痛、神经痛、痛风、肾病等）。
4.有些初饮者服用后会有兴奋、失眠、胃酸、轻度腹泻、皮肤发痒等副作用。
总的来说，红茶菌虽有诸多益处，但在饮用时也需注意其可能带来的副作用，尤其是特殊体质人群或本身有相关疾病的人群，要谨慎对待。