胚胎停止发育主要有以下原因：
一、外界因素方面：
1.胎儿可能因外界因素造成宫内缺氧，比如母亲的各种疾病以及外来创伤会中断胎儿与母体的营养交换。像妊娠期高血压疾病、肾炎、心血管疾病会使全身小动脉痉挛，进而导致子宫-胎盘血流量减少，绒毛缺血缺氧，这样胎儿会因供血不足而出现胎死宫内的情况。
2.前置胎盘、胎盘早剥等状况会致使胎儿缺氧，严重时可引发死胎或死产。
3.胎盘感染会造成胎盘炎症渗出增多、水肿，减少了母体与胎儿之间的营养交换，从而导致胎死宫内。
二、染色体方面：
1.染色体结构异常和遗传基因畸变会对胚胎早期发育产生影响。胚胎染色体异常是能够引起胚胎停育的，染色体数目、结构异常都可能致使孕早期胚胎停育，常见的有16号染色体三倍体改变、染色体平衡易位等。
2.父亲精子质量下降也是孕早期自发性流产、胚胎停育的重要危险因素之一。
总之，胚胎停止发育可能由外界因素和染色体因素等多种原因导致，需要引起足够重视。