扁平疣的治疗方法需根据个体情况选择，一般来说，药物治疗是常见方式之一。比如外用药物中，维A酸类药物有一定效果，不过具体疗效因个人差异有所不同。
外用药物治疗
水杨酸： 可以促进表皮剥脱，帮助改善扁平疣症状。通常需要连续使用一段时间，可能数周才能看到较明显效果。干扰素凝胶： 具有抗病毒作用，能调节免疫，抑制病毒复制。但使用后可能会有局部轻微的刺激感，一般儿童使用需谨慎，需在医生指导下应用。
物理治疗方式
冷冻治疗： 利用低温使疣体坏死脱落。一般需要多次治疗，每次治疗间隔约2 - 3周，治疗后局部会出现水疱、结痂等情况，要注意保持局部清洁，避免感染，儿童皮肤较娇嫩，操作时需注意冷冻深度。激光治疗： 通过激光的能量破坏疣体。治疗后局部会有创面，需要注意护理，防止感染，儿童进行激光治疗时要选择合适的能量参数，避免对皮肤造成过度损伤。
免疫调节治疗
转移因子： 可调节机体免疫功能，辅助治疗扁平疣。不过对于儿童来说，使用时要关注其免疫状态及个体反应，需在医生评估后使用，因为儿童的免疫系统还在发育中，药物对其免疫调节的影响需要谨慎考量。卡介菌多糖核酸： 能增强机体免疫力，对扁平疣的治疗有一定帮助。但同样要注意儿童使用时的剂量和安全性，需遵循医生的建议来决定是否使用及使用的具体方案。