牙套戴了三年突然牙疼的原因可能如下：
一、牙套不密合导致牙齿龋坏，牙髓神经敏感疼痛。这是因为牙套与牙齿之间不再紧密贴合，食物残渣和细菌容易进入牙套内部，从而使里面的牙齿发生龋坏。当龋坏发展到一定程度，就会影响牙髓神经，引起疼痛。此时需要尽快拆除牙套，对龋坏的牙齿进行治疗，比如去除龋坏组织、进行补牙等，之后再重新制作牙套来保护牙齿。
二、牙根出现折裂。这种情况需要通过拍片来了解牙根的具体状态。如果折裂不严重，在疼痛缓解之后，牙齿可能还可以继续使用。但如果是严重的折裂情况，就需要进行拔牙处理，否则会引发牙龈肿痛等问题。
所以，即使已经做了牙套，也一定要好好保护牙齿，避免食用过硬的食物。一旦牙齿出现不适症状，建议及时前往医院进行复诊。
总之，牙套佩戴者要重视牙齿的保护和异常情况的及时处理。