新生儿拉肚子的原因包括消化不良、肠道菌群失调、肠炎等，需根据具体原因遵医嘱用药，具体如下：
一、消化不良：新生儿消化能力相对较弱，易出现消化不良从而导致拉肚子。可使用以下药物进行治疗：
1.四磨汤口服液：能顺气降逆、消积止痛等。
2.蒙脱石散：可收敛止泻。
3.双歧杆菌：有助于调节肠道菌群。
二、肠道菌群失调：肠道内有害细菌增多可能引发拉肚子，可给予如下药物：
1.益生菌，如布拉氏酵母菌、枯草杆菌二联活菌颗粒：能调节肠道菌群平衡。
2.结合蒙脱石散止泻。
三、肠炎：肠道受细菌感染会引起拉肚子，治疗可采用：
1.头孢克洛颗粒：起到抗菌作用。
2.蒙脱石散：止泻。
3.布拉氏酵母菌：调节菌群。若腹泻严重，还需静脉滴注补充葡萄糖、氯化钾等，以防脱水和电解质紊乱。
总之，以上药物的使用均需在医生指导下进行，切不可自行随意用药。家长要密切关注新生儿的状况，如有异常及时就医。