阴茎根部有硬疙瘩，可能是皮脂腺异位症、阴茎珍珠样丘疹、尖锐湿疣、传染性软疣、梅毒硬下疳等疾病导致。
1.皮脂腺异位症：病因尚不明确，可能与内分泌因素、局部刺激或创伤有关。好发于口腔黏膜、阴茎龟头，表现为针头大小、孤立的、高出皮面的黄白色小疙瘩，无自觉症状。
2.阴茎珍珠样丘疹：病因不明，可能与包皮过长、局部刺激有关。常见于龟头冠状沟边缘，表现为珍珠状、半透明丘疹，无压痛，无破溃，可单发或多发。
3.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。初起为淡红色丘疹，逐渐增大增多，呈乳头状、菜花状，表面易发生糜烂，有渗液、浸渍及破溃，可有瘙痒、灼痛。
4.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触或间接接触传播。好发于儿童和青年人，表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。
5.梅毒硬下疳：由梅毒螺旋体感染引起，主要通过性接触传播。潜伏期一般为2~4周，硬下疳多发生在阴茎、龟头、冠状沟、包皮、尿道口等部位，表现为圆形或椭圆形溃疡，边界清楚，不痛不痒，触诊有软骨样硬度。
如果发现阴茎根部有硬疙瘩，建议及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，避免不洁性行为。