腱鞘囊肿手术治疗效果较好，一般来说，手术治疗的有效率可达80%~90%左右。
手术治疗的适用情况
囊肿较大影响功能时： 当腱鞘囊肿体积较大，已经明显影响到关节的活动功能，比如手指或手腕的囊肿，导致手部活动受限，这时候手术切除是比较好的选择。例如手部的腱鞘囊肿直径超过2厘米，且严重影响日常抓握东西等动作时，手术治疗能有效改善功能障碍。保守治疗无效时： 如果经过多次保守治疗，如挤压、针灸等方法，囊肿仍然反复发作，这时候手术治疗就显得必要。因为保守治疗复发率较高，而手术可以从根源上解决问题。
手术的操作方式
传统切开手术： 医生会在囊肿部位做一个较小的切口，直接将囊肿完整切除。这种方法对于比较表浅且较大的腱鞘囊肿效果较好，能清晰看到囊肿的位置，完整去除囊肿组织。微创手术： 现在也有微创手术方法，比如关节镜下腱鞘囊肿切除术。通过关节镜插入器械，在可视情况下切除囊肿。这种手术创伤更小，术后恢复相对较快，对关节功能的影响也更小。
术后恢复情况
恢复时间： 一般来说，传统切开手术的恢复时间可能需要2~4周，而微创手术的恢复时间会短一些，大概1~2周左右就能基本恢复日常的轻度活动。但完全恢复正常的剧烈活动可能需要4~6周。复发风险： 手术治疗后仍有一定的复发概率，大约在5%~10%左右。不过相对保守治疗来说，复发风险已经大大降低。术后需要注意避免过度使用相应关节，减少腱鞘囊肿复发的可能。