会厌囊肿的治疗方法需根据囊肿大小、症状等综合判断，一般较小且无症状的会厌囊肿可先观察，较大或有症状的多需手术治疗。通常来说，手术是治疗会厌囊肿比较有效的方式，尤其是对于较大的、引起明显不适症状的会厌囊肿。
手术治疗方式
支撑喉镜下囊肿切除术： 这是较为常用的手术方法。通过支撑喉镜暴露会厌囊肿，然后用激光、电刀等将囊肿切除。这种手术创伤相对较小，术后恢复较快。一般在手术过程中患者痛苦相对较轻，术后住院时间通常较短，大概1 - 2天即可。低温等离子射频消融术： 利用低温等离子能量，对会厌囊肿进行消融切除。它的优势在于出血少、术后水肿轻，对周围组织的损伤也比较小。术后患者的疼痛程度相对较轻，恢复时间也会相应缩短，一般术后1周左右基本能恢复正常的饮食和吞咽功能。
观察随访情况
较小无症状囊肿： 如果会厌囊肿比较小，直径在1厘米以下，而且患者没有任何不适症状，比如没有吞咽异物感、呼吸困难等情况，可以选择定期观察随访。一般建议每隔3 - 6个月做一次喉镜检查，观察囊肿的大小变化。如果在观察期间囊肿没有明显增大，也没有出现症状加重的情况，可以继续观察。儿童患者需留意： 对于儿童的会厌囊肿，即使较小，也需要密切观察。因为儿童的呼吸道相对较窄，囊肿有可能在短时间内增大，从而引起呼吸困难等比较危急的情况。所以儿童的会厌囊肿即使无症状，观察的频率可能会相对高一些，比如每1 - 2个月复查喉镜。
术后注意事项
饮食方面： 术后短期内要注意饮食。一般术后6小时可以开始进食温凉的流质或半流质食物，像米粥、蛋羹、软面条等。避免吃辛辣、刺激性、过热、过硬的食物，这些食物可能会刺激手术部位，引起疼痛或导致出血等情况。术后1周左右可以逐渐过渡到正常饮食，但还是要尽量保持清淡。口腔卫生： 要保持口腔清洁，每天可以用淡盐水漱口，一般每天3 - 4次。这样可以减少口腔内细菌滋生，预防伤口感染。漱口时要注意方法，头部微向后仰，使盐水充分漱口咽部，每次漱口时间不少于30秒。避免剧烈运动： 术后短期内要避免剧烈运动，比如跑步、打篮球等。因为剧烈运动可能会导致颈部血管充血，增加手术部位出血的风险。一般建议术后2 - 3周内避免剧烈运动，可适当进行一些轻度活动，如散步等。