慢性EB病毒感染的预后情况因个体差异而异，部分患者经过规范治疗可取得较好疗效，但也有部分患者可能病情迁延。
免疫功能正常人群
免疫功能正常的慢性EB病毒感染患者，若症状较轻，部分可通过自身免疫调节逐渐控制病情，实现临床好转，但具体恢复时间因人而异，可能需要数周至数月不等。
免疫功能低下人群
免疫功能低下者感染慢性EB病毒相对预后较差，治疗难度较大，病情容易反复，需要更积极且针对性的治疗干预，但通过合理的医疗措施仍有改善病情的可能。
儿童患者
儿童慢性EB病毒感染时，需密切关注其生长发育等情况。多数儿童经规范治疗后可缓解，但要注意避免因病情影响儿童的免疫功能发育等，治疗过程中需综合考量儿童的特殊生理状况。
有基础疾病人群
本身患有基础疾病的慢性EB病毒感染患者，治疗时需兼顾基础疾病与EB病毒感染的情况，治疗相对复杂，预后受基础疾病种类及严重程度等多因素影响，治疗过程中要谨慎权衡各种治疗措施对基础疾病的影响。