大便有出血且肛门疼时，应前往结直肠肛门外科或肛肠外科检查，以明确导致大便出血伴肛门疼痛的具体原因，并依据不同疾病采取不同处理方式，常见疾病如下：
一、痔疮：
1.若痔疮出血并伴有肛门疼痛，可使用痔疮膏和痔疮栓进行治疗，如马应龙痔疮膏、复方角菜酸酯乳膏、复方角菜酸酯栓等。
2.对于痔疮出血，还可口服地奥司明、迈之灵来减轻静脉曲张和水肿，从而降低出血情况。
二、肛裂：
若是陈旧性肛裂，通常需要手术治疗。
三、肛门肌肉问题：
1.若肛门肌肉存在痉挛或失弛缓的状况，可能需要在肛门周围进行肉毒素注射以及肛门解痉治疗。
四、肿瘤：
1.直肠和肛门的肿瘤，如直肠下端的直肠癌或肛管癌等，可能需要手术治疗。
2.倘若肿瘤处于晚期无法手术，则可能需要进行放疗或化疗等。
五、脓肿：
直肠壁内脓肿、肛门周围脓肿引发的破溃、出血，这时往往也需要进行手术、引流等治疗。
总结概况提示：当出现大便出血伴肛门疼痛时，要及时到相应科室检查，明确具体病因后针对不同疾病采用合适的治疗手段，如痔疮可用药或口服药，肛裂可能需手术，肛门肌肉问题可采取特殊治疗，肿瘤和脓肿也有各自对应的治疗方式。