松果体囊肿通常不会自行消失。松果体囊肿主要出现在儿童中，是位于人体间脑脑前丘和丘脑之间的肿物，在临床上属于先天性颅内疾病。
一、松果体囊肿一旦形成，就表明机体处于患病状态，它会持续存在，后续一般也不会自然消失。
二、大多数松果体囊肿患者并无症状，往往是在进行其他颅内疾病检查时意外发现的。如果囊肿较小，且未对患者产生不良影响，不必过度忧虑，只需定期前往医院复查头部CT、核磁共振，以明确松果体囊肿是否有变化。
三、要是发现囊肿逐渐增大，或者患者出现恶心、头晕、头痛等症状，在这种情况下则需要考虑通过手术切除来进行治疗。
总之，松果体囊肿一般不会消失，要根据具体情况采取相应的处理措施。