怀孕初期出现褐色分泌物的原因包括生理性改变、先兆流产、妇科疾病等，要依据不同情况处理。具体如下：
一、生理性改变：怀孕初期，受精卵于宫腔内着床，可能对子宫内膜有一定刺激，引起少量子宫内膜脱落，进而有少量阴道流血表现为褐色分泌物，通常无其他不适，属正常生理现象，无需特殊治疗。
1.原理：主要是着床刺激子宫内膜导致。
2.症状特点：仅有褐色分泌物，无其他异常。
二、先兆流产：孕妇腹部受外力损伤或情绪剧烈波动可引发子宫收缩，诱发先兆流产，部分孕囊与子宫壁轻微分离会导致阴道流血，血液与分泌物混合呈现褐色分泌物，可伴有小腹痛。
1.诱因：外力损伤、情绪刺激等。
2.表现：褐色分泌物、腹痛。
3.治疗：专业医生指导下使用黄体酮胶丸、盐酸利托君片等保胎。
三、妇科疾病：怀孕初期孕妇若有宫颈炎、宫颈息肉等妇科疾病，局部组织受刺激可引起出血，出现褐色分泌物，还可能伴有分泌物增多。
1.疾病类型：宫颈炎、宫颈息肉等。
2.症状：褐色分泌物、分泌物增多。
3.处理：分娩后遵医嘱用保妇康栓、抗宫炎片等治疗，必要时进行激光、冷冻、利普刀等治疗。
总之，怀孕初期出现褐色分泌物要明确原因，根据具体情况选择合适的处理方法。