一般情况下，巧克力囊肿（即卵巢子宫内膜异位囊肿）经过合理治疗后有一定概率可根治。卵巢子宫内膜异位囊肿是因异位的子宫内膜在卵巢生长，随月经周期出血而形成有陈旧性积血的囊肿。
一、治疗方法：
1.药物治疗：患者应在医生指导下用药，不可自行用药。常用药物包括：布洛芬有镇痛解热作用；屈螺酮炔雌醇片、去氧孕烯炔雌醇片等可调节激素；地诺孕素片能抑制病灶生长；散结镇痛胶囊、通迪胶囊有散结化瘀等功效。
2.手术治疗：主要目的是切除病灶、恢复正常解剖结构。医生会综合患者症状、病变部位、生育需求等因素选择合适的手术方式，如开腹手术、经腹腔镜手术等。
二、病因：卵巢子宫内膜异位囊肿病因尚不明确，可能与以下因素有关：
1.经血逆流。
2.体腔上皮化生。
3.家族遗传。
4.体内雌激素水平异常。
5.下生殖道梗阻。
6.自身免疫性疾病。
总之，对于卵巢子宫内膜异位囊肿，了解其治疗方法和病因有助于更好地应对和治疗该疾病。