肝区隐隐痛可能由多种原因引起。比如，约有15% - 20%的慢性乙型肝炎患者会出现肝区隐隐痛的情况。
肝脏本身病变导致
肝炎：病毒性肝炎如乙肝、丙肝等，病毒在肝脏内复制，会引起肝细胞炎症水肿，导致肝包膜受牵拉，从而出现肝区隐隐痛。一般乙肝的潜伏期平均约6周~6个月。肝硬化： 肝硬化患者肝脏质地变硬，肝包膜受刺激，也可能出现肝区隐隐痛，且肝硬化往往是由长期肝炎、酗酒等因素发展而来，病程较长。
胆道系统问题
胆囊炎：胆囊位于肝脏下方，胆囊炎发作时，炎症刺激可能会牵涉到肝区，引起隐隐痛。胆囊炎急性发作时疼痛可能会在进食油腻食物后诱发。胆管结石：胆管内结石梗阻，会导致胆汁排出不畅，引起胆管痉挛，进而出现肝区隐隐痛，胆管结石患者可能会有黄疸等表现。
邻近组织器官病变
右侧胸膜炎： 右侧胸膜炎时，炎症刺激胸膜，可引起牵涉性肝区疼痛，胸膜炎患者往往伴有咳嗽、胸痛等症状。膈下脓肿： 膈下脓肿会刺激周围组织，包括肝脏周围，导致肝区隐隐痛，这类患者可能有发热等全身感染症状。