厌氧菌感染可引发多种病症。比如口腔感染中，约70% - 90%的口腔感染与厌氧菌有关，像牙周炎就是常见的由厌氧菌引起的口腔疾病，患者会出现牙龈红肿、出血、牙周袋形成等症状。
口腔部位感染
牙周脓肿： 厌氧菌在牙周袋内大量繁殖，会导致牙周组织化脓性炎症，形成牙周脓肿，表现为牙龈局部肿胀、疼痛，有波动感，按压时有脓液流出。坏死性溃疡性龈炎： 主要由梭形杆菌和螺旋体等厌氧菌感染引起，患者牙龈会出现坏死、溃疡，有自发性出血，口臭明显。
腹腔感染
阑尾炎： 当阑尾腔梗阻时，厌氧菌等细菌容易在阑尾内繁殖，引发阑尾的炎症。急性阑尾炎发作时，患者右下腹会出现疼痛、发热等症状，若不及时治疗可能发展为化脓、穿孔等。肝脓肿： 腹腔内的厌氧菌感染可蔓延至肝脏，形成肝脓肿。患者会有右上腹疼痛、发热、寒战等表现，通过影像学检查可发现肝脏内的脓肿病灶。
女性生殖系统感染
盆腔炎： 女性生殖系统中厌氧菌是常见的病原体之一，盆腔炎多由多种病原体混合感染引起，厌氧菌参与其中。患者会出现下腹部疼痛、发热、阴道分泌物增多等症状，病情严重时可能影响生育功能。细菌性阴道病： 主要是阴道内正常菌群失调，厌氧菌大量繁殖所致。表现为阴道分泌物增多，有鱼腥臭味，性交后症状加重，阴道黏膜无明显充血等炎症表现。
肺部感染
吸入性肺炎： 当患者误吸含有厌氧菌的口咽分泌物时，容易引发吸入性肺炎。多见于老年人、意识障碍者等，患者会出现咳嗽、咳痰，痰液可能有臭味，伴有发热等症状，胸部影像学检查可见肺部炎症阴影。肺脓肿： 厌氧菌是肺脓肿的主要致病菌之一，多因口腔分泌物吸入肺部，导致肺部组织坏死、化脓形成脓肿。患者有高热、咳嗽、咳大量脓臭痰等表现，胸部X线或CT可发现肺部的脓肿腔。