胎记的形成与多种因素有关。目前研究发现，大约有10%的新生儿会出现胎记，其病因主要包括以下几方面。
遗传因素相关
基因层面影响：某些胎记可能与遗传基因有关。比如太田痣，有一定的遗传倾向，研究表明，如果家族中有太田痣患者，其后代患太田痣的概率相对普通人群会有所增加。一些先天性的血管性胎记，也可能存在遗传基因的突变或异常，导致血管发育出现异常情况，进而形成胎记。
胚胎发育时期因素
血管发育异常：在胚胎发育的早期，也就是怀孕的前几个月内，血管系统的发育出现紊乱是部分胎记形成的重要原因。例如鲜红斑痣，是由于胚胎发育过程中，面部神经嵴来源的血管发育异常，使得真皮浅层毛细血管网扩张、畸形所致。在这个阶段，如果受到一些不良因素的干扰，比如孕妇在孕期接触了某些有害物质，就可能影响胚胎血管的正常发育，增加胎记形成的风险。色素细胞聚集：对于色素型胎记，像先天性色素痣，是在胚胎发育时，神经嵴细胞向表皮移动的过程中，由于偶然的异常，导致色素细胞在局部聚集形成。正常情况下，色素细胞会均匀分布在皮肤中，但在胚胎发育异常时，就会出现局部色素细胞过度聚集，从而形成大小、形状各异的色素型胎记。
其他外部因素
孕期环境影响：孕妇在孕期的生活环境也可能对胎记的形成产生影响。如果孕妇在孕期长期处于污染较为严重的环境中，接触了过多的化学污染物、放射性物质等，这些外在因素可能会干扰胚胎的正常发育，增加胎儿出现胎记的可能性。另外，孕期的一些病毒感染，虽然不是普遍导致胎记的原因，但也有研究发现，某些病毒感染可能会在一定程度上影响胚胎的发育过程，与部分胎记的形成存在关联。