肛裂治疗中，局部用药常能较快缓解症状，比如硝酸甘油软膏，一般连续使用数天可能看到一定效果。
局部外用药物
硝酸甘油软膏： 它能通过扩张血管，改善肛裂部位的血液循环，起到缓解疼痛、促进溃疡愈合的作用。不过，使用时要注意可能出现头痛等不良反应。止痛栓剂： 像吲哚美辛栓等，塞入肛门后可以直接发挥局部止痛的效果，能在较短时间内减轻肛裂带来的疼痛不适，但使用时要按照正确的方法塞入。
促进愈合药物
重组人表皮生长因子凝胶： 可以促进肛裂创面的表皮细胞生长，加速创面愈合。一般每天使用1 - 2次，涂抹在肛裂患处，能帮助创面更快恢复。不过要注意保存条件，需在阴凉处存放。生肌膏类药物： 一些传统的生肌膏也有促进肛裂创面愈合的作用，它们能起到去腐生新的效果，帮助修复受损的组织，但使用前要清洁肛门局部。
坐浴药物
高锰酸钾溶液： 按照一定比例稀释后坐浴，浓度一般是1:5000，也就是1克高锰酸钾加入5000毫升水中。坐浴可以清洁肛门局部，改善血液循环，有助于肛裂的恢复，每天可坐浴1 - 2次，每次15 - 20分钟左右。不过要注意浓度不能过高，否则可能刺激皮肤。中药坐浴方： 有些中药方剂煎水后坐浴也有不错的效果，比如常用的有清热解毒、消肿止痛类的中药组合，坐浴同样能起到清洁、促进血液循环和缓解症状的作用，但要在医生指导下使用合适的中药配方。