直肠脱垂的治疗需根据病情严重程度选择，一般来说，幼儿直肠脱垂多可自愈，可先尝试非手术治疗，而成人的不完全性直肠脱垂可采用注射治疗等，严重的完全性直肠脱垂可能需要手术治疗，并没有绝对最快最好的单一方法。比如幼儿直肠脱垂，多数在5岁前自愈，可通过改善排便习惯等保守观察；对于成人直肠脱垂的注射治疗，常用硬化剂如5%石炭酸植物油等，部分患者经此治疗可改善症状，但有复发可能。
非手术治疗方式
一般治疗： 幼儿直肠脱垂多可自愈，应注意缩短排便时间，便后立即将脱出直肠复位，取俯卧位，用胶布固定双臀等。成人也可通过改善生活习惯来缓解，比如避免久坐久站，进行提肛运动，每日做3 - 4次，每次约5分钟，以增强肛门括约肌功能。注射治疗： 适用于成人不完全性直肠脱垂。将硬化剂注射到直肠黏膜下或直肠周围，使黏膜与肌层粘连，或使直肠与周围组织粘连固定。常用的硬化剂有5%石炭酸植物油等，注射后需卧床休息，避免剧烈活动。
手术治疗情况
经腹手术： 适用于成人完全性直肠脱垂。如直肠前壁折叠术，是通过折叠缝合直肠前壁，增强直肠对脱垂的支持力。手术需要在麻醉下进行，术后需禁食一段时间，待肠道功能恢复后逐渐进食，一般需要住院1 - 2周左右。经会阴手术： 适用于年老体弱或伴有严重心肺疾病不能耐受经腹手术者。如肛门环缩术，是用金属线或涤纶带等环绕肛门，缩窄肛门以阻止直肠脱垂。术后要注意保持肛门周围清洁，防止感染，一般恢复相对较快，但也有复发风险。
不同人群的治疗特点
儿童直肠脱垂： 由于儿童身体处于发育阶段，治疗以非手术治疗为主，如上述的改善排便习惯、提肛运动等，因为手术可能会影响儿童的生长发育。一般随着年龄增长，直肠脱垂有自愈的可能，所以先采取保守观察和简单的非手术措施。成人直肠脱垂： 成人直肠脱垂多需根据病情选择治疗方式。如果是轻度的不完全脱垂，可先尝试注射治疗；若脱垂严重，则可能需要手术治疗。同时，成人在治疗后要注意避免增加腹压的因素，如避免长期便秘、慢性咳嗽等，否则容易导致复发。