通常来说，由于个体存在差异，所以不存在绝对最好的治疗脑囊虫的方法。而治疗脑囊虫主要可通过以下几种方式。
一、一般治疗：脑囊虫属于寄生虫，当虫卵或幼体侵入人体脑组织后，在脑部活动会致使患者出现诸多身体不适症状，比如呕吐、头痛、共济失调等。患者在此情况下要注重休息，合理调整饮食结构，确保饮食卫生，同时要避免抽烟、喝酒等不良行为，以防加重身体不适，避免刺激虫体生长，以免增加治疗难度。
二、西药治疗：患者可在医生指导下运用驱虫的西药进行医治，例如吡喹酮片、阿苯达唑片、甲苯咪唑片等。这些药物能够起到刺激脑囊虫的作用，可降低脑囊虫的活力，促使其离开人体。
三、手术治疗：如果患者病情较为严重，药物治疗不起作用，那么可以在医生指导下通过脑室和脑池囊虫摘除术将脑囊虫取出。若因脑囊虫影响导致脑部有积液，也可在医生指导下进行脑室－腹腔分流术，以此来减轻身体不适。
此外，还有其他治疗方法，比如中医治疗等。
总之，治疗脑囊虫需根据具体病情选择合适的方法，多种方法可综合运用以达到较好的治疗效果。