肠镜检查能发现多种肠道疾病。一般来说，肠镜可以检查出大约80%以上的肠道病变。
一、肠道炎症性疾病
溃疡性结肠炎：肠镜下可见结肠黏膜充血、水肿、糜烂及溃疡形成，病变多从直肠开始，呈连续性、弥漫性分布。患者常出现腹泻、黏液脓血便、腹痛等症状。克罗恩病：肠镜表现为肠道黏膜呈铺路石样改变，可见纵行溃疡、裂隙状溃疡等，病变呈节段性分布。患者可能有腹痛、腹泻、体重下降等表现。
二、肠道息肉
腺瘤性息肉：这是一种癌前病变，肠镜下可看到单个或多个隆起的结节状病变，表面可能光滑或有分叶。腺瘤性息肉有一定的恶变倾向，需要及时切除。炎性息肉：多由肠道炎症刺激引起，肠镜下表现为黏膜充血水肿基础上形成的息肉样病变，一般较小，数量可多可少。
三、肠道肿瘤
结肠癌：肠镜下可见肠道内有菜花样、溃疡型等肿物，表面不光滑，易出血。患者可能出现排便习惯改变、便血、腹痛、腹部肿块等症状。直肠癌：肠镜下能发现直肠部位的肿瘤病变，早期可能表现为小的结节状隆起，随着病情进展可出现溃疡或菜花状肿物。患者会有便血、大便变细、里急后重等表现。
四、肠道寄生虫感染
血吸虫病：肠镜下可见肠黏膜有黄色颗粒状结节，有时可发现血吸虫卵沉积。患者可能有腹痛、腹泻、脓血便等症状，长期感染还可能导致肠道纤维化等病变。绦虫感染：肠镜下可能发现绦虫体或虫体节片附着在肠黏膜上，患者可能有腹部不适、消化不良等表现。