亚急性甲状腺炎常见症状多样，患者通常会有甲状腺区域疼痛，一般疼痛可从一侧甲状腺开始，然后向其他部位放射，疼痛可持续数天至数周不等。另外，多数患者会出现甲状腺功能异常的情况，比如早期可能出现甲亢表现，像心慌、多汗、消瘦等，这是因为甲状腺滤泡被破坏，甲状腺激素释放增加导致的；后期也可能出现甲减表现，如乏力、怕冷、水肿等。
典型症状表现
甲状腺区域疼痛：疼痛程度不一，有的患者疼痛较为剧烈，可放射至耳部、下颌等部位，在吞咽或头部转动时疼痛可能会加重。一般疼痛持续时间多数在1~2周，但也有部分患者持续时间更长，可达数月。甲状腺肿大：甲状腺会出现不同程度的肿大，质地较硬，触摸时有压痛感。肿大的甲状腺可能会影响颈部外观，让患者能明显感觉到颈部有异常隆起。
伴随症状情况
全身症状：患者可能会伴有发热，体温一般在38℃左右，少数患者体温可超过38.5℃。同时还可能出现乏力、肌肉疼痛等症状，乏力会让患者感觉身体没力气，做轻微活动就会感觉疲惫，肌肉疼痛则表现为四肢肌肉、肩部肌肉等部位酸痛。甲状腺功能异常相关表现：除了前面提到的甲亢和甲减表现外，甲亢期还可能出现手抖，也就是手部不自主地颤抖；甲减期可能会出现反应迟钝、记忆力减退等情况。
症状出现的时间特点
疼痛出现时间：一般在病毒感染后1~3周左右出现甲状腺区域疼痛，起病比较急。功能异常出现时间：甲状腺功能异常通常在疼痛出现后的1~2周开始显现，甲亢表现一般持续数周，然后可能会进入甲减期，甲减期持续时间相对较短，多数患者在数月后甲状腺功能可逐渐恢复正常，但也有少数患者会遗留永久性甲减。