结膜炎常用的眼药水有多种，不同类型的结膜炎适用的眼药水不同。一般来说，抗生素类眼药水常用于细菌性结膜炎，抗病毒类眼药水用于病毒性结膜炎，抗过敏类眼药水用于过敏性结膜炎等。
细菌性结膜炎适用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，能抑制细菌DNA旋转酶，从而阻碍细菌DNA复制，达到杀菌作用，可有效治疗由敏感菌引起的细菌性结膜炎。一般对多种革兰阳性菌和阴性菌都有较好的抗菌活性。妥布霉素滴眼液： 对革兰阴性菌及阳性菌都有抗菌作用，适用于敏感细菌所致的外眼及附属器的局部感染，如细菌性结膜炎等。
病毒性结膜炎适用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 属于核苷类抗病毒药，能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制，对单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒等有抑制作用，可用于治疗病毒性结膜炎。更昔洛韦眼用凝胶： 能抑制疱疹病毒的复制，对单纯疱疹病毒Ⅰ型和Ⅱ型、巨细胞病毒等有抑制作用，可用于治疗病毒性结膜炎等眼部病毒感染性疾病。
过敏性结膜炎适用眼药水
富马酸依美斯汀滴眼液： 是一种相对选择性的组胺H1受体拮抗剂，可通过抑制组胺的释放来缓解过敏性结膜炎的症状，如眼痒、流泪、充血等。色甘酸钠滴眼液： 能稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒，从而抑制组胺、5-羟色胺、慢反应物质等过敏介质的释放，预防过敏反应的发生，可用于预防春季过敏性结膜炎等。
非感染性结膜炎适用眼药水
人工泪液类眼药水： 如玻璃酸钠滴眼液等，主要用于缓解因眼干引起的结膜炎症状。玻璃酸钠为天然泪液的组成成分，可与泪液结合，形成类似人工泪液，起到润滑眼表、缓解眼干的作用，适用于干眼症伴发的结膜炎等情况。