孩子得了矮小症的病因有多种。一般来说，遗传因素是常见原因之一，如果父母身高偏矮，孩子遗传矮小的概率相对较高。据统计，约70%的矮小症患儿存在遗传因素相关问题。
生长激素缺乏或分泌不足
垂体问题导致：垂体是分泌生长激素的重要器官，如果垂体发生病变，比如垂体肿瘤等情况，就可能使生长激素分泌减少。垂体肿瘤可能在儿童时期悄然生长，影响生长激素的正常分泌，进而阻碍孩子身高的正常增长。下丘脑功能异常：下丘脑分泌的生长激素释放激素等调节物质出现问题，也会影响生长激素的分泌。下丘脑如果受到外伤、感染等因素影响，就可能打乱生长激素的分泌节奏，导致孩子生长激素分泌不足，引起矮小症。
先天性甲状腺功能减退
甲状腺素分泌不足：甲状腺能分泌甲状腺素，对孩子的生长发育至关重要。如果孩子先天性甲状腺功能减退，甲状腺分泌甲状腺素不足，就会使孩子的生长速度减慢，出现身材矮小的情况。这种病症如果能早期发现并治疗，效果较好，但如果延误诊治，会对孩子的智力等多方面发育造成不良影响。发病机制：甲状腺素缺乏会影响身体的新陈代谢和生长发育过程中的多种生化反应，导致骨骼生长缓慢，骨龄落后，从而表现为矮小症。
染色体异常导致
特纳综合征：这是一种常见的染色体异常疾病，主要发生在女孩身上。患儿的性染色体存在异常，通常是缺少一条X染色体。患有特纳综合征的女孩会出现身材矮小的症状，同时还可能伴有外貌特征的改变，如颈部蹼、后发际低等。唐氏综合征：由21号染色体三体引起的先天性染色体病，患儿除了智力发育迟缓外，也常常伴有身材矮小的表现。这类孩子的生长速度明显低于正常儿童，身体各部分的发育也相对滞后。