新生儿起口疮的原因包括上火、胃溃疡、外伤、缺乏微量元素等。具体如下：
一、上火：其常见症状有口干舌燥、口苦、口臭、头痛、头晕、眼干、睡眠不稳定、身体闷热等。可在医生指导下服用小儿热速清颗粒、小儿豉翘清热颗粒等药物来进行治疗。
1.小儿热速清颗粒：主要成分为柴胡、黄芩、板蓝根、葛根、金银花、水牛角、连翘、大黄等，具有清热解毒、泻火利咽的功效，常用于小儿外感风热所致的感冒，比如发热、头痛、咽喉肿痛等。
2.小儿豉翘清热颗粒：包含连翘、淡豆豉、薄荷、荆芥、炒栀子、大黄、青蒿、赤芍、槟榔、厚朴、黄芩、半夏等成分，有疏风解表、清热导滞的作用，可用于小儿风热感冒挟滞证，表现为发热咳嗽、鼻塞流涕、咽红肿痛、纳呆口渴、脘腹胀满、便秘或大便酸臭、溷黄等。
二、胃溃疡：常见症状有上腹部、胸骨疼痛、胀痛，还可能有反酸、食欲减退等表现。可在医生指导下使用奥美拉唑、果胶铋等药物进行治疗。
1.奥美拉唑：是一种强力的抑制胃酸分泌的药物，可减少胃酸对胃黏膜的刺激，有利于胃溃疡的修复。
2.果胶铋：具有保护胃黏膜的作用，同时也有一定的杀灭幽门螺杆菌的功效。
三、外伤：如果新生儿口腔内受到刺伤、烫伤或其他外伤，可能因细菌感染而出现口疮。不过家长不必过于担心，通常一段时间后会自行消失。
四、缺乏微量元素：若新生儿体内缺乏维生素B、叶酸或者锌、铁等元素，可能导致口疮发生，进而引起口角炎、唇炎、舌炎等感染性疾病。应及时补充微量元素，加强营养。
总之，当新生儿出现口疮时，要找准病因，然后进行针对性的治疗和处理，以促进其尽快康复。