宝宝起床后咳嗽厉害，但之后又不咳嗽了，可能是以下原因引起的：
1.室内环境干燥：起床后，宝宝可能会因为呼吸道黏膜受到干燥空气的刺激而咳嗽。此外，室内温度过高、过低，或空气不流通也可能导致咳嗽。保持室内适宜的温度和湿度，适当通风，可以缓解咳嗽症状。
2.过敏：如果宝宝对某些物质过敏，如尘螨、花粉、动物毛发等，起床后可能会因为过敏反应而咳嗽。家长可以观察宝宝周围的环境，尽量避免过敏原，如定期打扫房间、减少宠物接触等。
3.呼吸道感染：如果宝宝之前患有呼吸道感染，如感冒、咳嗽等，起床后咳嗽可能是因为痰液刺激。在这种情况下，宝宝可能会咳出痰液，咳嗽症状会逐渐减轻。
4.胃食管反流：宝宝的胃容量较小，且胃食管括约肌发育不完善，容易发生胃食管反流。起床后，胃酸反流刺激食管和喉部，可能会引起咳嗽。家长可以在宝宝睡觉时将床头抬高，减少反流的发生。
5.其他原因：宝宝起床后咳嗽厉害，也可能是其他原因引起的，如气道异物、咳嗽变异性哮喘等。如果宝宝咳嗽持续时间较长或伴有其他症状，如发热、喘息、呼吸困难等，建议及时就医，以便明确病因并进行相应的治疗。
需要注意的是，宝宝的咳嗽症状可能会因为个体差异而有所不同。如果家长对宝宝的咳嗽情况感到担忧，建议及时咨询医生，以便获得更专业的建议和治疗。同时，家长应该注意保持宝宝的个人卫生，勤洗手，避免带宝宝去人员密集的场所，以预防呼吸道感染的发生。