生殖器疱疹主要由单纯疱疹病毒（HSV）引起，治疗上常用抗病毒药物来控制发作、减少复发等。一般通过规范使用抗病毒药物等方法来较好地治疗。
常用抗病毒药物
阿昔洛韦：是治疗生殖器疱疹的常用药物之一，能抑制病毒DNA合成，起到抗病毒作用，可减轻症状、缩短病程。伐昔洛韦：是阿昔洛韦的前体药物，生物利用度比阿昔洛韦高，服用相对方便，同样能有效抑制单纯疱疹病毒复制。
发作期的治疗要点
发作期时，要保持患处清洁、干燥，可使用生理盐水清洗患处。同时应尽早开始抗病毒治疗，一般建议在出现症状后的24 - 48小时内用药，能更好地控制病情发展，减轻症状严重程度和缩短病程。
预防复发的注意事项
对于频繁复发的患者（1年复发6次以上），可以长期抑制疗法，每天服用抗病毒药物，如每天服用阿昔洛韦等，能将复发频率降低50% - 80%左右。此外，要注意避免诱发因素，如避免过度劳累、熬夜、饮酒等，这些因素可能会导致免疫力下降，从而诱发生殖器疱疹复发。还要避免与他人密切接触，尤其是在发作期，防止病毒传播给他人。
特殊人群的治疗考虑
孕妇感染生殖器疱疹时，治疗需谨慎。一般会根据孕周等情况选择合适的抗病毒药物，如孕早期可能会权衡利弊后使用相对安全的药物来治疗，以减少对胎儿的影响。而对于免疫力低下的患者，如艾滋病患者合并生殖器疱疹，治疗时可能需要调整抗病毒药物的剂量等，并且要积极治疗基础疾病，提高免疫力来辅助控制生殖器疱疹病情。