多发性乳腺囊肿确诊后需积极配合医生治疗，主要治疗方法包括一般治疗、手术治疗、药物治疗、中医治疗等，具体应遵医嘱进行。
一、一般治疗：
1.单纯囊肿：一般无需进一步干预，但患者应适当进行心理疏导，改变生活习惯，如保持心情舒畅，选择松紧合适的乳罩托起乳房，减少饮食中脂肪的摄入。
2.积乳囊肿：需要进行局部热敷、理疗、乳房按摩以及使用吸乳器等措施。
二、手术治疗：
分为穿刺疗法和手术切除。穿刺疗法是抽出囊肿内的囊液以消除囊肿。以下情况应考虑手术切除：对于单发囊肿且内部回声不均、直径大于1厘米者；经多次穿刺囊肿仍不萎缩者；囊肿内出现上皮增生或乳头状瘤，或无法明确乳腺囊肿性质者；穿刺抽取液体为血性者；有继发感染反复发作者，通过手术可彻底清除病灶。
三、药物治疗：
单纯囊肿有时可采用药物治疗，如雌激素受体阻断剂（他莫昔芬）等，药物虽可使囊肿缩小，但无法根治，且长期服用可能产生不良反应，所以临床上并不常用。
四、中医治疗：
认为乳腺囊肿是肝郁气滞、冲任失调所致，可采用逍遥蒌贝散加减、二仙汤合四物汤加减等进行治疗。此外，还可外敷消瘀止痛软膏以达到活血化瘀、消肿止痛的效果。但中医治疗必须经专业中医师辨证，严格遵医嘱接受治疗。
总之，确诊为多发性乳腺囊肿后，应积极配合医生治疗，不要自行用药，以免延误病情或出现不良反应。