霉菌性阴道炎主要由假丝酵母菌引起，治疗通常需使用抗真菌药物。一般来说，通过规范用药等方式，大部分患者能在较短时间内得到改善。
药物治疗选择
局部用药：常用的有克霉唑制剂，阴道放置后，能抑制假丝酵母菌生长。比如克霉唑栓，每晚1粒（150mg），连用7日；或每晚1粒（200mg），连用3日。还有咪康唑制剂，像咪康唑栓，400mg的每晚1粒，连用3日。全身用药：对于不能耐受局部用药、未婚女性及不愿采用局部用药者，可选用口服药物。例如氟康唑，150mg顿服即可。不过，有基础疾病的患者使用口服药需谨慎，应在医生评估后使用。
生活方式调整
保持外阴清洁干燥：每天用温水清洗外阴，要注意避免使用刺激性的洗液。清洗后要及时擦干，保持外阴干燥环境，因为假丝酵母菌在潮湿环境中容易滋生。建议每天更换内裤，内裤最好选择棉质的，透气性好，洗后在阳光下暴晒，利用紫外线杀菌。避免滥用抗生素：很多女性长期大量使用抗生素会破坏阴道内正常的菌群平衡，从而引发霉菌性阴道炎。所以，使用抗生素时一定要在医生指导下进行，不能自行随意增减剂量或延长使用时间。
性伴侣治疗
男性一般无需常规治疗：但如果男性有症状，如阴茎瘙痒、红肿等，需要进行检查和治疗。可以用碳酸氢钠溶液清洗阴茎局部，必要时使用抗真菌药物涂抹。不过，多数情况下女性治疗后，男性即使携带病菌也不会发病，所以一般不需要常规对男性进行治疗，但要注意性生活时的防护。性生活注意防护：在治疗期间应避免性生活，或者使用安全套，以防止交叉感染。如果性伴侣有症状未进行治疗，女性即使治愈后也容易再次被感染。
特殊人群注意事项
孕妇：孕妇患霉菌性阴道炎时，治疗以局部用药为主，尽量避免口服药物。可选择对胎儿影响较小的克霉唑制剂等进行局部治疗，要在医生的指导下规范用药，因为孕妇的身体状况特殊，用药不当可能会影响胎儿健康。糖尿病患者：糖尿病患者由于血糖高，阴道内糖原含量增加，适合假丝酵母菌生长繁殖，容易反复发生霉菌性阴道炎。这类患者除了积极治疗阴道炎外，还需要严格控制血糖，将血糖控制在合理范围内，才能从根本上减少霉菌性阴道炎的复发几率。