脑干血栓的预后存在个体差异，部分患者经过及时、规范治疗可不同程度恢复，但也有部分患者预后较差。
一、病情较轻且治疗及时
若脑干血栓范围小，发病后能在有效时间窗内接受溶栓、改善脑循环等治疗，患者神经功能缺损症状较轻，通过积极康复等后续干预，有一定几率恢复较好，生活基本能自理。这与患者发病时年龄、基础健康状况等有关，年轻、基础健康好的患者相对更有恢复优势。
二、病情较重情况
当脑干血栓范围大，患者发病时就出现严重神经功能缺损，如意识障碍、呼吸循环受累等，治疗难度大，预后往往较差，可能遗留严重后遗症，如长期昏迷、肢体严重瘫痪等。年龄较大、有基础疾病（如高血压、糖尿病等）的患者更易出现这种严重情况。
三、康复干预影响
即使病情得到一定控制，康复治疗对预后也至关重要。规范的康复训练有助于促进神经功能恢复，改善肢体运动、语言等功能。但康复效果受多种因素影响，如康复开始时间、患者自身康复意愿和配合度等。
四、不同人群差异
对于老年患者，身体机能衰退，恢复能力相对较弱；年轻患者恢复潜力相对大些，但也需根据具体病情判断。有基础疾病的患者在治疗脑干血栓同时需控制基础病，这也会影响整体预后，基础病控制不佳会阻碍康复进程。