头部有囊肿的胎儿是否可以保留，需依据具体情况来判断，部分囊肿可自行消失，有些则需进一步观察。这需要关注囊肿的大小、生长速度以及是否伴有其他异常状况。少数有囊肿的胎儿出生后需观察、复查或手术治疗。
一、自行消失：
胎儿头部有囊肿，如脉络丛囊肿，表现为单纯的单侧或双侧小囊肿，多数情况下会自行消失，不会带来明显不良影响，这种胎儿通常是可以保留的。
二、有待观察：
如蛛网膜囊肿，在囊肿较小时可先观察，胎儿有可能可以保留。但对于较大的囊肿，则需要咨询神经外科医生进行初步评估，同时要让孕妇和家属充分知晓情况。对于这类胎儿能否保留，应根据医生建议确定，不可盲目决定。
三、手术治疗：
少数脉络丛囊肿可能伴有染色体或基因异常，此时孕妇在做好产前咨询后可进行羊水穿刺检测。若囊肿呈进行性增大并影响胎儿脑部发育，胎儿出生后可能出现颅内压增高，这种胎儿可能可以保留，但出生后应立即进行手术治疗。
所以，在怀孕中期，特别是大排畸超声检查时，要完善相关检查。有产前诊断指征时，就需要进行羊水穿刺，以确诊或排除胎儿染色体或拷贝数变异，也可以进行全基因检测，有助于发现胎儿在遗传方面是否存在异常。
总之，对于头部有囊肿的胎儿，要根据具体情况全面评估后再决定是否保留。