结膜炎的治疗需根据病因来定。若是感染性结膜炎，细菌感染可用抗生素类药物，病毒感染则用抗病毒药物；过敏性结膜炎需远离过敏原并使用抗过敏药物；理化刺激引起的结膜炎要避免刺激因素并进行对症处理。
一、细菌感染性结膜炎
由细菌感染引发的结膜炎，可使用抗生素滴眼液来治疗，抑制细菌生长以缓解症状。患者要注意眼部卫生，避免用手揉眼，防止感染加重，尤其儿童要避免用手触碰眼睛，因为儿童手部卫生较难保证，易反复感染。
二、病毒感染性结膜炎
病毒感染导致的结膜炎具有一定传染性，治疗上主要是使用抗病毒滴眼液。患病期间要注意隔离，防止传染给他人，特别是免疫力较低的人群，如老人和儿童，他们接触后更易被感染。
三、过敏性结膜炎
对于过敏性结膜炎，首要任务是找出过敏原并让患者远离。然后使用抗过敏滴眼液来减轻眼部过敏反应。过敏体质的人群在日常生活中要留意可能的过敏原，如花粉、尘螨等，尽量避免接触。
四、理化刺激引起的结膜炎
因理化刺激导致的结膜炎，需尽快脱离刺激环境。例如因烟雾刺激引起的，要迅速离开烟雾环境；因化学物质溅入引起的，要立即用大量清水冲洗眼睛。对于儿童，要加强监管，避免他们接触危险的理化刺激物。