小孩扁桃体发炎且发烧39℃属于高烧，需积极对症处理，包括物理降温和药物处理等，以防延误病情致不良后果。
一、物理降温：扁桃体发炎发烧39℃若不及时退烧，会影响大脑、心脏等重要器官。可采取物理降温，比如用毛巾包裹冰袋敷于颈部、腹股沟、腋窝等大血管经过部位，或进行温水擦浴、使用退热贴等，从而发挥降温作用。
二、药物处理：
1.退热处理：扁桃体发炎发烧39℃，物理降温同时可配合药物退热，如口服对乙酰氨基酚混悬滴剂，或肛门使用小儿退热栓，但6岁以下小孩慎用小儿退热栓。
2.抗炎处理：发烧主要由炎症引起，需从根本上消除炎症。可口服抗生素如阿莫西林胶囊，若口服效果不佳则需静脉输液抗生素如注射用头孢呋辛钠，但不推荐给3个月以下小孩使用。
3.局部消炎：可用生理盐水等漱口，及时清除扁桃体及咽部炎症分泌物，以减轻局部黏膜炎症，辅助小孩退烧。
总之，对于小孩扁桃体发炎发烧39℃的情况，要综合运用物理降温和各种药物处理方法，尽快缓解症状，保障小孩健康。需注意根据小孩具体情况合理选择和使用相关措施。