甲状腺瘤的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。目前研究发现，遗传因素可能是一个方面，有家族史的人群患甲状腺瘤的风险相对较高；碘摄入异常也与之相关，比如碘缺乏或碘过量都可能影响甲状腺的正常功能，进而增加甲状腺瘤的发生几率；另外，放射性物质接触也是诱因之一，长期接触放射性物质的人群，甲状腺瘤的发病风险会有所升高。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 某些甲状腺瘤具有一定的家族聚集性，如果家族中有亲属患有甲状腺瘤，那么其他家庭成员患甲状腺瘤的可能性会比普通人群高一些。研究表明，约有5% - 10%的甲状腺瘤与遗传因素密切相关，一些特定的基因变异可能会增加个体患甲状腺瘤的易感性。基因层面关联： 目前已经发现一些与甲状腺瘤相关的基因位点，例如RET/PTC基因重排等情况，在有家族遗传背景的甲状腺瘤患者中较为常见，这些基因的异常改变会影响甲状腺细胞的生长和分化，从而导致甲状腺瘤的发生。
碘摄入异常相关
碘缺乏情况： 当人体长期处于碘缺乏的环境中时，甲状腺会通过代偿性增生来试图摄取更多的碘，以合成足够的甲状腺激素，长期的这种代偿性增生过程就可能增加甲状腺瘤的发生风险。在一些碘缺乏地区，甲状腺瘤的发病率相对会有所升高。碘过量影响： 相反，碘摄入过量也不利于甲状腺健康。过量的碘会干扰甲状腺激素的正常合成和调节机制，导致甲状腺组织出现异常增生，进而增加甲状腺瘤的发生几率。比如长期大量食用含碘丰富的海产品，同时又没有合理控制碘的摄入量，就可能使甲状腺处于不稳定状态，增加患病风险。
放射性物质接触因素
职业暴露风险： 一些职业人群由于工作原因长期接触放射性物质，像在核电站、放射性医疗场所工作的人员，如果没有做好防护措施，甲状腺长期受到放射性物质的辐射，会损伤甲状腺细胞的DNA等遗传物质，影响细胞的正常生长和修复，从而使甲状腺瘤的发病风险明显升高。医疗辐射影响： 另外，接受过颈部放射性治疗的患者，比如因其他疾病接受过颈部放疗的人，甲状腺在放疗过程中受到辐射损伤，也会增加日后患甲状腺瘤的可能性。一般来说，颈部接受过放射性治疗后，甲状腺瘤的发病风险会比正常人群高出数倍。