肥厚型梗阻性心肌病主要与遗传因素密切相关，约60% - 70%的患者有家族遗传背景，是常染色体显性遗传疾病。
遗传因素相关
基因变异主导： 该病主要是由肌节蛋白编码基因发生变异引起，比如肌球蛋白重链基因、肌钙蛋白T基因等出现突变，这些基因突变会导致心肌结构和功能异常，进而引发肥厚型梗阻性心肌病。家族聚集现象： 如果家族中有一人患肥厚型梗阻性心肌病，其直系亲属（如父母、子女、兄弟姐妹）患病风险比普通人群高很多，需要密切关注，定期进行心脏相关检查，像超声心动图检查等，以便早期发现病情。
内分泌紊乱影响
激素水平失衡关联： 体内一些激素的异常变化也可能参与肥厚型梗阻性心肌病的发生。例如，儿茶酚胺类激素水平异常时，可能会对心肌产生影响，促使心肌肥厚等改变。甲状腺功能异常影响： 甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会加快机体代谢，心脏负担加重，长期可能影响心肌结构和功能，增加患肥厚型梗阻性心肌病的风险；而甲状腺功能减退时，也可能通过一系列机制对心肌产生不良影响，与该病的发生有一定关联。
其他可能因素
运动相关因素： 虽然运动本身对心脏有益，但如果是过度剧烈的运动，尤其是长时间高强度无氧运动，可能会在一定程度上影响心肌。有研究发现，长期进行过度剧烈运动的人群，患肥厚型梗阻性心肌病的风险可能会有所升高。不过这种情况相对遗传和内分泌因素来说，不是主要病因，但也不能忽视。其他疾病间接影响： 一些罕见的代谢性疾病等也可能间接导致心肌发生类似肥厚型梗阻性心肌病的改变。不过这类情况比较少见，主要还是遗传和内分泌等因素是更主要的病因。