尿道炎的治疗药物需根据病原体类型选择，一般细菌感染引起的尿道炎，常用抗生素治疗。比如大肠杆菌等引起的尿道炎，可选用左氧氟沙星等喹诺酮类抗生素，不过18岁以下人群通常不建议使用喹诺酮类药物，因为可能影响骨骼发育。
细菌感染性尿道炎常用药物
喹诺酮类药物： 像诺氟沙星，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用，但18岁以下患者应避免使用，因为可能对软骨发育产生不良影响。头孢菌素类药物： 例如头孢克肟，通过抑制细菌细胞壁的合成来杀菌，不过对头孢菌素过敏者禁用。
非细菌感染性尿道炎相关药物
衣原体、支原体感染所致尿道炎： 常用阿奇霉素，它能与细菌核糖体结合，抑制细菌蛋白质合成。一般成人首次剂量可稍大，然后按规定剂量服用，但孕妇及哺乳期妇女使用需谨慎，应在医生评估后决定是否使用。病毒感染所致尿道炎： 如疱疹病毒引起的尿道炎，可能会用到阿昔洛韦，它能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒DNA合成，但使用时要注意可能出现的胃肠道反应等不良反应。
不同人群的用药注意事项
女性尿道炎患者： 女性在月经期间用药需注意，有些药物可能会对月经产生一定影响，同时要注意个人卫生，用药期间应避免性生活，以免交叉感染。老年尿道炎患者： 老年人常伴有其他基础疾病，用药时要考虑药物相互作用，比如同时服用治疗高血压等疾病的药物时，要咨询医生，看是否会产生不良相互作用。