卵巢囊肿的药物治疗需根据具体情况而定，一般来说，对于一些生理性囊肿可能不需要用药，而一些炎症性囊肿可能会用到抗生素等药物，但并没有绝对“效果最好”的单一药物。通常如果是炎症引起的卵巢囊肿，可能会使用头孢类等抗生素，比如头孢呋辛酯，它可以抑制细菌细胞壁合成从而发挥抗菌作用来缓解炎症相关的卵巢囊肿，但具体用药要遵医嘱。
炎症相关卵巢囊肿用药
抗生素使用： 若卵巢囊肿是由细菌感染引起的炎症导致，常用头孢类抗生素，像头孢克肟，它对多种细菌有抗菌活性，能抑制细菌生长繁殖来减轻炎症。不过使用前需确认无过敏史。用药注意： 使用抗生素时要严格按照疗程服用，不能自行停药，否则可能导致炎症反复。而且不同患者对药物的反应可能不同，需根据病情调整。
内分泌相关卵巢囊肿用药
调节内分泌药物： 部分卵巢囊肿与内分泌失调有关，比如多囊卵巢综合征相关的囊肿，可能会用到短效避孕药，如炔雌醇环丙孕酮片，它可以调节体内激素水平，抑制卵巢过多雄激素产生，对改善内分泌相关卵巢囊肿有一定作用，但要在医生指导下根据月经周期等情况使用。特殊人群： 有严重肝病、心脏病等疾病的患者使用调节内分泌药物时需谨慎，要告知医生自身基础疾病情况。
巧克力囊肿药物辅助
GnRH-a类药物： 对于子宫内膜异位症引起的巧克力囊肿，会用到促性腺激素释放激素激动剂，如亮丙瑞林，它能抑制垂体分泌促性腺激素，从而降低雌激素水平，使异位的子宫内膜萎缩，对控制巧克力囊肿生长有一定效果。不过使用这类药物可能会出现潮热、骨质疏松等副作用，用药期间要定期监测骨密度等指标。青少年患者： 处于生长发育期的青少年使用GnRH-a类药物时要特别关注对骨骼发育的影响，需在医生密切监测下使用。