附睾囊肿疼痛可能由附睾囊肿体积大、性刺激、附睾炎等原因引起，具体如下：
一、附睾囊肿体积大：附睾囊肿是附睾处的囊性肿块，属良性病变，通常无疼痛不适。但若囊肿体积较大，就可能产生疼痛。对此，建议进行手术切除，如附睾囊肿切除术，其过程是在麻醉后于阴囊做切口，将囊肿与附睾分离，而后完整切除。
二、性刺激：附睾囊肿多因精液淤积所致，若频繁性刺激使精液持续淤积在囊肿内无法顺利排出，便可能引发疼痛。这种情况需禁止一切可能引起性刺激的活动，可在医生指导下口服非甾体类消炎止痛药缓解疼痛，如吲哚美辛肠溶片、塞来昔布胶囊、双氯芬酸钠缓释片等。
三、附睾炎：因附睾囊肿依附于附睾，若附睾发炎，炎症因子也会刺激附睾囊肿，导致明显疼痛，还可能出现阴囊坠胀不适。可遵医嘱口服头孢菌素类药物改善症状，如头孢呋辛酯片、头孢克洛胶囊、头孢克肟分散片等。生活中要注意个人卫生，保持阴部清洁。
总结：当附睾囊肿出现疼痛时，可能是上述多种原因导致，应根据具体情况采取相应措施，包括手术、避免性刺激、使用药物等，同时要注意个人卫生。