月经不干净的主要原因有以下几点：
1.排卵功能障碍：
无排卵性功能失调性子宫出血：常发生于青春期及更年期，由于下丘脑-垂体-卵巢轴激素间的反馈调节尚未成熟，大脑中枢对雌激素的正反馈作用存在缺陷，FSH呈持续低水平，无促排卵性LH峰形成，导致卵巢中虽有卵泡发育但无排卵。
黄体功能不足：由于相对固定的黄体期变短，使月经周期变短，该疾病多发生在生育年龄。
2.子宫内膜不规则脱落：
下丘脑-垂体-卵巢轴调节功能紊乱：使黄体萎缩不全，内膜持续受孕激素影响，以致不能如期完整脱落。
子宫内膜炎症：影响了子宫内膜的修复而导致月经不干净。
3.其他：
宫内节育器：可引起月经周期缩短、经期延长、经量增多。
子宫内膜息肉：是由于子宫内膜局部过度增生所致，表现为突出于子宫腔内的单个或多个光滑肿物，蒂长短不一。
其他：如黏膜下子宫肌瘤、子宫内膜异位症、子宫腺肌病等也可导致月经不干净。