孢子丝菌病的治疗主要以药物治疗为主，一般需要数周甚至数月的治疗周期。
药物治疗的选择
碘化钾： 是治疗孢子丝菌病的常用药物，通常口服，一般需要连续服用数周，比如可能需要服用4-6周左右，对很多孢子丝菌病患者有效。伊曲康唑： 属于唑类抗真菌药物，可用于治疗孢子丝菌病，一般需要持续服用较长时间，比如3-6个月不等，对于一些轻中度的孢子丝菌病有较好疗效。
手术治疗的情况
局限性皮肤损害： 如果孢子丝菌病是局限性的皮肤损害，且药物治疗效果不佳或者皮损较局限时，可考虑手术切除。比如一些孤立的皮肤结节或斑块，在药物治疗无效时可以通过手术完整切除病灶。甲下孢子丝菌病： 对于甲下的孢子丝菌病，可能需要进行拔甲手术配合药物治疗，通过拔除病甲，再结合抗真菌药物治疗来改善病情。
特殊人群的注意事项
儿童患者： 儿童患孢子丝菌病时，药物选择需要谨慎，要根据儿童的年龄、体重等情况来选择合适的抗真菌药物，并且密切观察药物的不良反应，因为儿童的肝肾功能等发育还不完善，对药物的代谢和耐受与成人不同。孕妇患者： 孕妇患孢子丝菌病时，用药需非常谨慎，因为很多抗真菌药物可能会对胎儿产生影响。一般需要在医生的严格评估下，权衡利弊选择相对安全的治疗方案，可能会优先选择对胎儿影响较小的药物或者采用其他相对温和的治疗手段。