甲状腺囊肿的形成原因较多，一般认为可能与碘摄入异常、甲状腺病变以及先天性因素等有关。比如，当人体长期碘摄入不足或过量时，都可能影响甲状腺正常功能，进而增加甲状腺囊肿的发生风险。
一、碘代谢异常相关
碘摄入不足： 人体碘主要从食物和饮水获取，若长期处于碘缺乏环境，饮食中碘含量不足，会影响甲状腺激素合成，导致甲状腺滤泡代偿性增生，进而可能引发甲状腺囊肿。据流行病学调查，在一些碘缺乏地区，甲状腺囊肿的发生率相对较高。碘摄入过量： 短时间内大量摄入碘，也会干扰甲状腺正常的生理功能，影响甲状腺激素的合成与释放平衡，使得甲状腺组织出现异常变化，增加甲状腺囊肿发生几率。
二、甲状腺病变因素
单纯性甲状腺肿演变： 单纯性甲状腺肿若没有得到有效控制，病情持续发展，甲状腺组织不断增生、复旧，可能形成囊肿。例如，一些患者患单纯性甲状腺肿后，未及时干预，数年后逐渐出现甲状腺囊肿。甲状腺腺瘤囊性变： 甲状腺腺瘤是甲状腺常见的良性肿瘤，当腺瘤发生囊性变时，就会形成甲状腺囊肿。这是因为腺瘤内部血管破裂出血，或者液体聚集，导致腺瘤出现囊性改变。
三、先天性因素影响
甲状舌管残余： 在胚胎发育过程中，甲状舌管退化不全，残余的上皮细胞分泌液体，可逐渐形成囊肿。这种先天性的甲状舌管残余异常是导致甲状腺囊肿的一个原因，一般在儿童时期可能就会有所表现，但也可能成年后才被发现。