扁平疣盖过的被子可能会传染。扁平疣主要由人乳头瘤病毒感染所导致，具有传染性。
一、传染途径：
1.直接传染：直接接触患者而被传染，尤其自身皮肤有破损时接触到患者的扁平疣，病毒可通过破损进入细胞内复制繁殖，增加被传染几率。
2.间接传染：与患者共用如衣服、毛巾、被子等贴身物品可间接引起传染，自身免疫力低下者更易被传染。
二、自愈情况：与其他可自愈的皮肤疾病不同，扁平疣不会自愈，需借助医学治疗手段治愈。
三、治疗方式：
1.药物治疗：
(1)可外涂干扰素类药物如干扰素凝胶，提高局部免疫力来治疗。
(2)使用氟尿嘧啶、咪喹莫特等腐蚀性药物，但需在医生指导下使用，以免导致瘢痕。
2.物理治疗：
(1)液氮冷冻：通过极低温度迅速消灭人乳头瘤病毒，脱离正常皮肤表面达到治疗效果。治疗后创面要保持干燥清洁，一周内不碰水，并涂抹抗生素软膏防感染。
(2)二氧化碳点阵激光：直接去除疣体，皮损干痂脱落后可消除扁平疣，但部分患者易反复发作，需多次治疗。
总之，扁平疣具有传染性且一般不自愈，可通过药物和物理等治疗方法来应对，患者应根据自身具体情况选择合适的治疗方式。