孕酮低可能由多种原因引起。女性在黄体功能不全时，黄体分泌的孕酮量会减少，大约有10% - 20%的不孕女性存在黄体功能不全的情况；另外，卵巢储备功能下降也会导致孕酮低，随着年龄增长，尤其是35岁以后，卵巢功能逐渐衰退，孕酮分泌也会受到影响；还有内分泌疾病，像甲状腺功能减退等，会干扰激素的正常调节，进而影响孕酮水平。
黄体功能因素
黄体发育不全： 女性的黄体是排卵后形成的，若黄体发育不全，就无法分泌足够的孕酮。正常情况下，黄体期一般持续14天左右，若黄体期短于12天，很可能存在黄体功能不足，导致孕酮分泌偏低。黄体萎缩不全： 黄体萎缩不全时，内膜不规则脱落，也会使得孕酮水平降低。这种情况可能会导致月经周期延长，经期延长等问题。
卵巢功能方面
年龄相关影响： 女性随着年龄增长，卵巢功能逐渐衰退，35岁以上女性卵巢储备功能下降较为明显，卵泡质量和数量都不如年轻时，会影响孕酮的分泌。有研究表明，35岁以上女性孕酮水平低于年轻女性的比例相对较高。卵巢疾病影响： 像卵巢囊肿、多囊卵巢综合征等卵巢疾病，会干扰卵巢的正常内分泌功能，从而影响孕酮的生成。例如多囊卵巢综合征患者，常存在排卵障碍，进而影响孕酮的分泌。
内分泌疾病关联
甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的激素对女性内分泌系统有重要调节作用，当发生甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，导致孕酮分泌减少。临床中，甲状腺功能减退患者中孕酮低的情况并不少见。肾上腺疾病影响： 肾上腺分泌的一些激素也参与体内激素平衡的调节，若肾上腺出现疾病，比如肾上腺皮质功能亢进等，可能会干扰孕酮的正常合成与分泌。