胃肠感冒发烧时，可根据具体症状选择合适药物。一般来说，若体温在38.5℃以上，可选用对乙酰氨基酚等退烧药来缓解症状，通常用药后0.5 - 1小时左右可能开始起效。
针对退烧的药物选择
退烧药： 对乙酰氨基酚是常用的退烧药物之一，它能通过抑制前列腺素的合成来发挥解热镇痛作用。成人及12岁以上儿童可以使用，但要注意按照说明书的剂量服用。而布洛芬也是常见的退烧药，对于胃肠感冒引起的发烧有较好的退烧效果，不过6个月以下婴儿需谨慎使用，应在医生指导下用药。
缓解胃肠不适的药物
止泻药： 如果胃肠感冒伴有腹泻症状，蒙脱石散可以考虑使用。它能够在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的病毒、细菌和毒素等，从而达到止泻的作用。儿童和成人都可以使用，但服用时需要注意用适量温水冲服。止吐药： 当出现恶心、呕吐症状时，多潘立酮可以起到一定作用，它能促进胃肠道蠕动，帮助缓解呕吐情况。不过，孕妇和哺乳期女性使用前最好咨询医生。
调节肠道菌群的药物
益生菌类药物： 胃肠感冒可能会影响肠道菌群平衡，这时候可以补充益生菌，比如双歧杆菌四联活菌片。它可以调节肠道菌群，改善肠道功能，有助于胃肠功能的恢复。儿童也可以使用相应的儿童剂型，但要注意按照儿童的剂量来服用。